استفاده از سیستم نسخه‌نویسی الکترونیکی آنلاین، طیف وسیعی از مزایا را در مراکز درمانی فراهم می‌کند. بخشی از مهم‌ترین مزایای ذکر شده برای نسخه‌نویسی آنلاین عبارتند از:

• تشکیل پرونده پزشکی: هر بیمار بر اساس کدملی خود در سامانه شناخته می‌شود. از این رو یک پرونده الکترونیک برای وی تشکیل می‌شود که لیست تمام نسخه‌های پزشکی او در این پرونده ثبت می‌گردد. پرونده پزشکی به پزشکان برای جلوگیری از تداخلات دارویی و تکرار داروها کمک شایانی می‌کند.

• کاهش خطاهای انسانی: بخش اعظمی از خطاهای صورت گرفته در نسخه‌ها به علت ناخوانا بودن نام داروها یا دوز یا نحوه مصرف دارو بوده است. به وسیله نسخه نویسی آنلاین و ارسال آنلاین داروها به داروخانه درصد این خطاها به شدت کاهش می‌یابد.
• پشتیبانی بالینی برای پزشکان: از آن‌جایی که نسخه‌های آنلاین در پرونده الکترونیکی بیماران ثبت می‌شود. پزشک به نسخه‌های قبل، آلرژی‌های بیمار، آزمایشات و عکس‌های او دسترسی دارد. از این رو تجویز دارو می‌تواند بر اساس آلرژی بیمار، تداخلات دارویی، جلوگیری از تکرار دارو و… به درستی انجام شود.
• مشارکت در مراقبت‌های پزشکی: دو بیمارستان و یا دو پزشک به راحتی می‌توانند از محتویات یک پرونده پزشکی بدون نیاز به انتقال بین دو مکان استفاده کنند. در صورت انجام ادامه درمان در مرکز دیگر یا توسط پزشک دیگر، درمان‌ها از ادامه درمان قبلی و با توجه به سابقه قبلی بیمار انجام می‌گیرد.